Con thứ nhất của Gia Long là Hoàng thái tử Nguyễn Phúc Cảnh mất sớm vào năm 1801. Do Thái tử Cảnh là người con chịu nhiều ảnh hưởng của đạo Gia Tô từ Pháp nên sau khi hoàng tử Cảnh qua đời, vua Gia Long không chọn cháu đích tôn của mình (con của hoàng tử Cảnh) làm người kế vị vì sợ những ảnh hưởng của Pháp tới triều đình.

Mặc dù có nhiều đình thần phản đối (đặc biệt là Nguyễn Văn Thành) nhưng vua Gia Long vẫn quyết định chọn Nguyễn Phúc Đảm làm người kế vị. Hoàng tử Đảm vốn là người hay bài xích đạo Gia Tô và không có cảm tình với người Pháp – tư tưởng này giống với Gia Long. Năm 1815, Nguyễn Phúc Đảm được phong Hoàng thái tử và từ đó sống ở điện Thanh Hòa để quen với việc trị nước.

Theo ý kiến của các nhà nghiên cứu Nguyễn Phan Quang, Đặng Việt Thủy và Đặng Thành Trung, Minh Mạng là người được Gia Long lựa chọn truyền ngôi, không chỉ vì năng lực mà còn vì hy vọng gửi gắm vào ông thực hiện chính sách thoát khỏi ảnh hưởng và âm mưu áp chế của người Pháp,[2][3] bởi khi còn sống, Gia Long đã chịu ơn người Pháp và không thể ra mặt giải quyết những mâu thuẫn nhằm thoát khỏi ảnh hưởng đó.[4]